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2004年，审计署统一组织对部分高校和医院财务收支、科技经费、水利建设资金、重点流域水污染防治资金、退牧还草项目、县乡公路改造工程以及粮食风险基金、关闭破产企业补助资金进行了专项审计和审计调查。
发现的主要问题是：有些资金管理不严，使用不合规，影响相关政策目标的实现；有的项目进展缓慢，资金使用效益不高；有些方面政策落实不到位，损害群众切身利益的问题
依然存在。
问题一 教育收费高 18所高校私收进修费等64427万元
审计和调查18所中央部属高校2003年度财务收支情况表明，违规和不规范收费仍然存在。2003年这18所高校收取未经批准的进修费、MBA学费等64427万元，国家明令禁止的费用6010万元，自行设立辅修费、旁听费等7351万元，超标准、超范围收费的学费、住宿费等5219万元，强制收取服务性、代办性收费3284万元，重修费、专升本学费等554万元，共计8.68亿元，比上年增长32%%，占当年全部收费的14.5%%。从审计情况分析，部分高校在招生入学这一环节中违规和不规范收费的现象尤为严重。
审计还发现14所高校未将科研收入、收费、投资收益等6.16亿元作为收入管理，有的甚至滞留在所属单位坐收坐支。
链接：清华一公司经理私设千万“小金库”
清华大学所属北京清华阳光能源开发有限责任公司原总经理在1995年至2003年3月间，授意公司财务人员隐瞒销售收入，私设“小金库”2138万元，并以发放奖金、对外投资和支付合作方红利等名义支取大量现金。
问题二 群众看病贵 北京10家医院病床日平均收费1006元
审计和调查卫生部及北京市所属10家医院2003年度财务收支及相关药品、医疗器械购销情况表明，群众看病贵的问题尚未得到妥善解决。这10家医院2003年平均每门诊人次收费307元，比上年增长8.8%%；每病床日平均收费1006元，增长10.9%%。
造成这一问题的原因主要有4方面：
一些医药生产企业虚报成本，造成一些药价虚高。按现行规定，政府定价药品的零售价由有关部门以生产企业申报的成本为基础，按规定比率加价核定。但随机抽查5家药厂的46种药品，有34种制造成本申报不实，平均虚报1倍多。随机抽查10家医院2003年销售给患者的105种药品发现，因企业虚报其中一些药品的生产成本导致患者多负担1052万元，占医院实际收费3744万元的28%%。
医药流通环节层层加价，牟取暴利。抽查6类35种进口一次性医疗器械，最终卖给医院的价格平均为报关价的3.34倍。例如用于心脏手术的某规格球囊，报关价为每个496元，一级代理商批发给二级代理商时达到3600元，二级代理商再转手卖给医院时骤升到7000元，两次倒手加价13倍多。
医院采购中收取折扣、回扣现象比较普遍，直接或间接加重患者负担。据查，2001年以来10家医院收取药品和医疗器械厂商等支付的各类折扣、回扣等约3亿元。由于医院未将这部分资金用以抵消药品和医疗器械售价，而是大部分作为医院盈利或用于购置设备等支出，最终还是增加了患者的负担。除医院外，有关个人索取和收受回扣的现象也屡禁不止。
有些医院违规收费，增加了群众医疗费用负担。审计抽查10家医院2003年至2004年8月的部分医疗收费项目，发现违规向患者多收费1127万元。其中，医疗检查多收费825万元，药品多收费302万元。据新华社
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