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2003年2月20日，国土资源部召开全国电视电话会议，部署治理整顿土地市场秩序。1999年以来，有关部门至少组织了三次全国土地市场治理整顿工作，但是，治理整顿依旧阻挡不住各地汹涌的“圈地风潮”。
7月31日，温家宝总理在一次土地整顿电话会议上强调，土地是民生之本。此前，他曾经批示：一些地方土地市场秩序混乱，非法占地、非法入市的问题相当严重，利用土地牟取
暴利已经成为一些单位和个人“寻租”的手段。
8月8日，奉国务院领导指示，国土资源部、国家发改委、监察部、建设部、审计署五部委组成10个联合督察组，对各地土地市场秩序治理整顿情况进行明察暗访。
9月17日，国土资源部下发关于“严格控制高档商品住房用地、停止申请报批别墅用地”通知。
9至10月间，联合督察组带回的信息触目惊心，各地擅自批准设立各类开发区，随意圈占耕地和违法出让、转让土地，擅自出台优惠政策导致开发区过多过滥。督察组的汇报引起高层强烈关注。其间，中国一些大中城市的粮价发生了近年来罕见的波动，分析者认为，粮价上涨与耕地减少有着密切关系。同时，土地市场的混乱也直接影响了国民经济的健康运行，造成了巨大的金融隐患。
温家宝总理再次作出严厉批示。
10月28日，全国人大常委会经过表决，决定免去田凤山的国土资源部部长职务。田凤山因有严重违纪问题，此前已被双规。
11月3日，国务院发出《关于加大工作力度进一步治理整顿土地市场秩序的紧急通知》。
11月16日，国土资源部公开宣布将调查5起土地违规大案。有关负责人强调，这次公开调查的5起案件如果情况属实，将公开处罚，公开追究责任。国土资源部此举未事先通知地方政府，措辞之严厉为历来罕见。随即，调查组奔赴五地，引起了各地极大震动。
11月22日，国务院发出通知，要求进一步加大治理整顿土地市场秩序工作力度。通知不点名地批评了一些现象：一些地方主要领导对治理整顿工作重视不够，处于等待和观望状态；开发区清理整顿还停留在摸清底数和查找问题阶段，处理工作尚未全面开展；征地补偿不落实，农民失地失业的问题还没有解决；有些地方清理整顿措施不落实，顶风违法行为仍有发生。通知称，“要坚决严肃处理，决不姑息”。
11月28日，国土资源部召开新闻发布会，通报全国土地市场秩序治理整顿工作进展情况。国土资源部10月受理的来信来访量比9月明显下降，来信总量下降15.5%，来访人次减少48.9%，其中集体访人次减少了63.4%。
12月2日，国土资源部再发禁令：对不符合国家产业政策的项目、不切实际的“形象工程”及“政绩工程”项目、别墅项目、高尔夫项目，一律不报批用地。三个月内，连发两道内容相似的禁令，足见高层的决心以及各地问题的严重。
12月21日，国土资源部执法监察局再次公布了4起违法用地大案。这4起案件均发生在2003年，最近的一起发生于2003年10月。国土资源部特别强调，这些地方是“顶风违法”。
12月27日至28日，全国国土资源厅局长会议在北京召开。国土资源部部长孙文盛强调，“影响国土资源保护和合理利用的障碍因素不少，执法监督难的问题仍然很突出”，“一些地方国土资源管理松弛、执法不严，有的干部存在‘好人主义’、庸俗作风、软弱涣散等问题，甚至为不法分子大开方便之门”。
这次会议宣布，中央政府已决定在全国实行省以下土地垂直管理体制。省以下各级地方政府不再管理国土资源部门，保证对土地实施更为有效的监管。
截至2003年12月底，国土资源部共清查各类开发区6015个，这些开发区规划面积达3.54万平方公里，超过了现有城镇建设用地总量。据十个省(区市)的统计，在458.1万亩园区实际用地中，未经依法批准的用地占68.7%。
同时，中国的耕地面积正在以惊人的幅度减少。1999年，全国耕地面积减少650多万亩，2000年减少近1500万亩……到了2002年，这个数字已经变成2500多万亩。
分析者警告，耕地的连年减少已经威胁中国的粮食安全。
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