入世以来，国际大豆产业格局发生巨变。中国国产大豆产业几近全线崩溃。而占到中国大豆使用量80%以上的进口转基因大豆，其首批进口审批程序，却被质疑检测程序存在缺陷。孟山都和有关各方对质疑的回应理由是否成立？如果质疑成立，谁该为此负责？
接受中国证券记者采访的专家、企业负责人、种植户认为，在大豆对外依存度达80%左右、外资控制产业链的情况下，中国大豆产业有崩溃的风险，其背后既有政策上放开大豆进口等原因，也有行业难以抱团、缺乏自主价格体系、争夺话语权失败的因素。
根据海关统计，2007年我国进口大豆3082万吨，2009年进口4254万吨，2010年进口5478万吨，2011年进口5264万吨。最新数据显示，2012年一季度，我国累计进口大豆1333万吨，同比增加21.6%，对外依存度达到80%左右。
一般来说，转基因大豆比非转基因大豆要便宜不少。市场数据显示，当前日本非转基因大豆食品比转基因大豆食品的价格高60%，美国非转基因大豆比转基因大豆价格每吨高10美元，国际市场非转基因大豆比转基因大豆价格平均高25%。
根据《转基因生物安全管理条例》(以下简称“条例”)在批准转基因生物制品进入国内市场前，不仅需要提供该产品在本国允许投放市场的文件，还需由中国第三方检测机构对其安全性进行实验检测。
记者在律师的配合下向农业部查询的相关信息显示，中国疾控中心营养与食品研究所出具的安全检测报告的大部分内容，援引于美国FDA使用过的一份外文文献，而此份文献还曾在美国以“付费方式”发表，其联系地址亦为孟山都在美国的公司所在地。
根据农业部《农业转基因生物安全评价管理办法》附录，全部转基因植物属性描述和安全评价项目至少有69大项，其中，每大项的每个方面又需要一系列的试验来证明。在大量的试验项目中，只抽取一两个项目做评价，因此而得出的安全结论似乎可以忽略。
农业部农业转基因生物安全管理办公室6月12日发声明称，2002年3月10日美国孟山都公司向我国提出大豆GTS40-3-2安全证书申请后，经对相关检测结果报告进行严格审查后，依法于2004年批准该大豆进口。声明还说美国于1994年批准GTS40-3-2大豆用于生产种植、食用和饲用。
报告出具方中国疾控中心营养与食品研究所相关负责人表示，他们对此无法提供任何解释。卫生系统在8年前已退出转基因安全方面的监管，当年试验报告也要向农业部求解。记者多次向农业部求证此事，均未做任何回应。
中国农业大学食品科学与营养工程学院院长罗云波是农业部第一届转基因生物安全委员会委员。罗云波透露，在进口国做各种安全性复检，需要出口企业——如孟山都公司承担不菲的试验费用，商业公司会对此持警觉态度。如果复检项目过多，对方可能将此视为技术壁垒而提起诉讼。
另一位不愿具名的农业转基因生物安全管理标准化技术委员告诉本报记者，美国农业部出具的，是一个叫解除监管状态的文件。“这些都是基于美国以市场为主体的社会管理机制而有的一些东西，不能以中国式的‘政府批准’形式去理解。”
转基因技术和中国粮食安全的话题历经多年争论。但转基因疑云背后更多的是国家战略角力和公关舆论大战。
农业部科教司副司长石燕泉与三位专家做客中国访谈，就转基因食品安全及管理问题进行解读。
2010年3月15日，绿色和平公布调查报告称，沃尔玛出售非法转基因大米、伊藤洋华堂超市出售非法转基因木瓜。
近几年，虽然有关部门和专家表示我国现有法规能够确保转基因食品安全，但关于转基因食品安全争议却一直没有停止。农业部科技委员会委员孙毅曾在记者的一次采访中说：“迄今为止的转基因产品，既没有确切证据证实其不安全，也没有办法证实它在今后一定安全。”如果一种产品在没有证明是安全的之前，却已经占据了拥有13亿多人口消费市场的八成份额，这确实会让消费者不安。面对质疑，孟山都和有关部门有责任及时提供真实全面可释疑的证明文件。毕竟，食品安全无小事。确保食品安全，人人有责。
