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有效地保护基金持有人的利益，是基金市场可持续发展的前提。简而言之，对基金持有人利益的保护可以从基金管理公司的内部治理结构、基金的组织形式、托管人的参与、市场中介的作用、行业自律组织的参与、监管机构的介入等多个角度进行。另外，这些对基金持有人利益保护措施的有效性如何，实际上还取决于不同的金融体系、金融市场的发展程度以及基本的法律环境密切相关。
大致对金融体系进行简要的划分，可以区分为以间接金融为主导的日德模式和以直接金融为主导的英美模式。因为金融市场发展程度的巨大差异，在基金持有人利益方面的主要渠道和措施存在十分明显的差异。
在银行体系占据主导地位的金融体系中，市场力量的影响力十分有限，公司内部的治理结构对于基金持有人的保护措施有限，在金融体系中具有重要地位的银行、强势的监管机构、以及在不同程度上依托监管机构的自律组织发挥的作用相对较大。仅以日本为例，在1998年以前，日本基金界为宜可以采用的形式是信托或者契约形式，基金持有人在基金管理的相关重要问题上的影响力十分有限，此时对基金持有人利益最为关键性的保护措施之一，实际上是日本大藏省对基金契约的审批过程，通过审批基金契约来防止基金管理公司与基金持有人之间可能出现的利益冲突，促使其充分披露相关的信息。大藏省还对基金的行业自律组织进行审批，在此基础上行业自律组织提出基金行业的基本商业规则和发展的指引。
与日本强烈的行政主导色彩的基金持有人保护结构相比，德国作为有代表性的间接融资主导的国家，则十分强调银行的作用。在德国的混业经营体制下，大多数基金是由银行发起设立的，托管银行通常与基金管理公司归属于同一个金融集团。在保护基金持有人利益方面，德国强调托管银行准确计算基金单位价值的责任。与日本类似的是，德国的基金持有人通常没有能力影响管理公司的投资决策，但是投资者拥有提起诉讼的权力，特别是还具有代表人诉讼制度；基金信息的披露和基金条款的修订则受到监管机构的严格监管。
与日德间接融资为主导的金融体系相比，英美等以直接融资主导的金融体系更为强调市场的约束力和公司内部的治理对保护基金持有人利益的积极作用。相比之下，英美国家的监管机构相对处于一个比较超脱的市场地位。例如，美国证监会对基金的设立采取注册制，注册过程中美国证监会关注的主要是所提供的材料是否包含投资决策所需要的各种信息，至于基金本身的优劣、基金本身对于持有人保护的合理程度等，则主要由投资者自主在基金公司披露的信息基础上自主作出判断。在强调公司内部治理的作用方面，以美国为例，1940年法案的关键内容就是强调投资公司的董事对基金持有人利于保护的行为规范，独立董事在美国共同基金的治理中发挥了越来越重要的作用，近年来更为强调独立董事在董事会中的多数原则、自我任命原则等等，以确保独立董事履行其职责。在强调公司内部治理的基础上，美国还强调投资者对于自身利益的保护，基金持有人有权对投资顾问协议、董事成员和收益分配的安排等影响到基金持有人利益的关键事项方面进行表决，有权批准公司投资策略的变动，有权影响董事会的构成。因此，在美国的基金市场上，基金持有人的参与和公司的内部治理在保护基金持有人利益方面处于十分积极主动的地位，相比之下，监管机构则处于相对消极的超脱地位，这是以美国完善的市场机制和法制环境为基础的。在基金持有人的利益保护方面，英国基金市场的运作机制与美国市场十分接近，例如英国规定基金中对于基金投资政策的重大变化，必须要有75％以上的投票者同意才能够通过，在监管方面英国更为强调自律组织的作用，1997年以前基金的监管主要由证券投资委员会负责，1997年之后则转而由金融服务局负责，尽管证券投资委员会和金融服务局对于基金市场有广泛的监督权，但是，实际上无论是证券投资委员会还是金融服务局都不是政府机构，虽然金融服务局要接受英国财政部和议会的监督，但是从严格意义上来说，英国政府并不对基金行业直接进行监管，想比较之下，英国更为强调自律组织对于基金持有人利益的保护作用。
因此，在保护基金持有人利益的各种可能渠道虽然是多方面的，但是随着金融市场发展程度的不同、法制环境的不同、以及金融结构的差异，不同渠道的相对重要性存在明显的差异。在银行为主导的日德型间接融资体系中，基金持有人利益的保护更为强调政府监管机构的强势参与，而在美英为代表的直接融资主导型金融结构，公司内部的治理结构、投资者的积极参与、以及自律组织的作用更为重要。这一简要的结论对于中国基金市场基金持有人利益保护的借鉴意义也是明显的，在以银行为主导的金融结构环境下开始发展的基金业，在起步阶段必然带有十分明显的日德型融资结构下基金业的一些特征，监管机构对基金契约的严密审核和监控事实上成为保护基金持有人利益的最为关键性的环节之一。但是，随着金融市场的发展、基金市场的日趋成熟、法制环境的不断完善，基金公司的内部治理、法律环境的完善、基金持有人对基金经营管理的参与将发挥更为重要的作用，例如强化基金的信息披露制度、促使基金持有人更多地参与基金的决策、推行公司型基金、完善基金持有人的代表诉讼制度、发挥自律组织的积极作用等，都是值得借鉴和考虑的方式
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